Первая организация присоединяется ко второй

Уволить беременную женщину можно только в случае ликвидации организации, а не ее реорганизации (в том числе присоединение). Так что если Ваши права нарушены, обратитесь в Комиссию по трудовым спорам и в суд. Правда на Вашей стороне.