иск о взыскании образовавшейся задолженности, отказ в удовлетворении, привлечение соответчика

Нами был выигран аукцион. В соответствии с условиями договора подряда нами выполнены строительно-монтажные работы по текущему ремонту казармы в Белогорской КЭЧ района Мин.обороны РФ. По контракту заказчиком является ФГУ Дальневосточный военный округ, а плательщиком Белогорская КЭЧ. Полномочия учредителя КЭЧ осуществляет Министерство обороны РФ.
На оплату работ выделяются средства из бюджета Мин.обороны. Работы нами были выполнены не вовремя. И средства ушли обратно в казну. Объемы выполненных работ по текущему ремонту казармы соответствуют фактически выполненным работам. Претензий к качеству выполненных работ по текущему ремонту казармы заказчик не имеет.
Таким образом, на сегодняшний день ответчиком Федеральным государственным учреждением «Управление Дальневосточного военного округа» в лице Федерального государственного управления «Белогорская КЭЧ района» Министерства обороны Российской Федерации не исполнены обязательства по оплате выполненных работ по договору подряда.
Мы обратились в Арбитр.суд с иском. Отправили исковое и в Белогорскую КЭЧ и в ФГУ ДВ военный округ. Но на предварительному судебном заседании поступил отказ с двух сторон. ФГУ объяснили отказ тем, что в данный момент они стали ФБУ и теперь находятся в стадии реформирования и их счета аннулированы и они не выполняют теперь функции по финансированию. Из чего выводят то, что они не являются надлежащим ответчиком. Т.к. мы адресовали иск ФГУ, а они теперь ФБУ.
Белогорская КЭЧ в отзыве на исковое написала, что да, действительно мы выполнили все работы и они хотели бы выплатить деньги, но не могут потому, что по приказу министерства обороны их тоже расформировывают. Но т.к. Мин.обороны является учредителем, то также несет субсидиарную ответственность по возникшим обязательствам. И просят привлечь к ответу Министерство обороны. Управление ДВО не возражает.
И суд постановил до судебного разбирательства ПРИВЛЕЧЬ В КАЧЕСТВЕ СООТВЕТЧИКА Министерство ОБОРОНЫ.
Подскажите пожалуйста, что делать в таком случае. Понятно, что нужно связываться с Министерством обороны, отправлять им тот же комплект документов. Нам нужно будет написать им отдельное исковое, или просто претензионное письмо? Что лучше и как правильнее поступить. Заранее спасибо. С уважением, Елена.