оплата индивидуального предпринимателя

В соответствии с законодательством, работа у индивидуального предпринимателя, относительно прав, гарантий и пр., ни чем не отличается от работы на любом предприятии-- юридическом лице. Таким образом, Вам либо требовать, что действительно накладно для ИП, либо смириться, либо уволиться. Выбор за Вами, закон на Вашей стороне, вот только их вопроса не понятно как оформлены Ваши трудовые отношения.