Как правильно оплатить покупку квартиры по ДДУ?

Дмитрий, если договором не оговорён конкретный срок или условия оплаты, то допустимо вполне оплатить и после государственной регистрации, что наиболее было бы целесообразно с Вашей стороны и сделать. Потом, ДДУ - немного другое, это предполагает собой несколько иную сделку, имейте ввиду, что заинтересованным лицом она может быть оспорена в суде.
Рекомендация: Обратиться к юристу очно (не скупиться) для консультации по вопросу возможных рисков по договору.