Оплата поставщику начисленного им НДС

Организация заключила договор с ИП на оказание ремонтных услуг. Услуги выполнены в полном объеме в 2007-2008г., акты выполненных работ подписаны. Предпринимателем к оплате представлены документы в которых НДС не выделен, соответственно и оплачены они тоже без НДС. Расчеты осуществлены полностью. В 2011г. организация получила от предпринимателя уточненные счета-фактуры и акты выполненных работ, в которых на стоимость оказанных услуг начислен НДС. Предприниматель объясняет это тем, что он должен был применять общую систему налогообложения и предъявлять НДС к стоимости оказанных услуг. Должна ли теперь организация перечислить предпринимателю НДС?имеет ли право организация принять НДС к вычету? В случае если организация добровольно не перечислит предпринимателю \"довыставленный им НДС\" может ли предприниматель взыскать сумму НДС через суд?