Правильно ли оформлены документы, если земля 6 соток, а межевание сделано на 6,49 соток

Не верно поставлен вопрос. Думаю у вас ситуация такая: Документы на право собственности были выданы на 6 соток по итогам постановки земельного участка на кадастровый учет по первичным документам установления границ где количество соток указано на основании документом выданных ранее (формально).
Прошло время и вы решили провести уточнение границ, при этом старые ориентиры отлетают и нередко вместо 6 соток мы получаем 10, а то и 4 фактически, но это не значит , что изменились границы или количество метров, а значит что земельный участок прошел уточнение границ и уточнились данные о его размерах, по факту осталось все тоже, но вот данные стали точнее.
ну и после всего этого лучше конечно в свидетельство внести изменения, мало ли попадется покупатель противный будете доказывать.

Самое важное, чтобы не было наложения границ. И чтобы был подписан акт согласования границ.